規制緩和による新規参入航空会社の第一号。大手旅行代理店のエイチ・アイ・エス社長・澤田秀雄らの出資により1996年11月に設立された。

「大手より約40%安い普通運賃」「一部座席5,000～10,000円均一（スカイバーゲン）」は、一見して無謀にも思える価格設定であるが、「搭乗率が8割を超えれば黒字が達成できる」（西久保社長）戦略とされている。大手2社がアッパークラスの拡充に尽力する中での賭けとも言えるが、今のところ「スカイバーゲン」は完売が続いている。2006年2月の普通運賃値下げに際して強く打ち出された「ノン・フリル（サービスなし）」がどれだけ顧客に受け入れられるか、「格安航空会社」の老舗がどれだけ業績を伸ばせるかが、今後の注目すべき点だといわれている。

欠航時は運賃の無手数料払い戻しか後続・後日の自社便への無手数料変更のみとし、他社への振替や宿泊手配、食事券の配布などを中止としていたが、この対処は特にビジネス客には不評だったことから、2007年2月1日より、会社（スカイマーク）側が選択する他社便への振替も可能となった。

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