JAL(日航)グループの一企業で、株式会社日本航空インターナショナル、那覇空港ターミナル株式会社、沖縄県等が株主の第三セクター企業である。

米軍施政権下におかれた沖縄県ではエア・アメリカ社が離島便を就航させていたが、同社は退役した米空軍出身者の失業救済会社で人件費が高く、1960年代半ばには経営難に陥り1967年6月をもって運航を廃止することとなった。当時の米国民政府は日本航空・全日本空輸・アロハ航空・ハワイアン航空に離島便への就航を打診し、日本航空とアロハ航空が前向きな回答を示した。これを受け、当時の地元世論は圧倒的に日本航空の就航を支持、米国民政府は琉球政府との合弁という条件を付け日本航空の就航を許可した。

以上のような経緯で1967年、南西航空株式会社（なんせいこうくう）として設立。沖縄本島の那覇空港から離島を結ぶ路線を中心に、沖縄県民の翼として活躍した。1993年7月1日、社名（商号）を南西航空株式会社から日本トランスオーシャン航空に変更し、沖縄を中心に国内ネットワークを広げ、同時にJALグループの国内線ウェットリース事業も行っている。

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